# s-gene: extensive, quantitative perturbation approach to trace "the poetry" of gene regulatory networks

<<  DNA  content  of  our  genomes  resembles  a  complex  biological  language,  composed  of  coding  regions and  regulatory  regions.  Although  protein-coding  regions  in  DNA  could  be  compared  to  a  traffic  signal  –  utilizing  a  simple  stop  or  go  message  –  the regulatory  regions  in  DNA  are  more  like  poetry. “The  regulatory  sites  in  DNA  operate  like  a  light  switch  to  turn  a  gene  on  and  off.  In  animals,  it’s  extremely  complex,”  said  David  Arnosti (..) “There  might  be  hundreds  of  protein  factors  in  the  cell  that  bind  to  the gene  and  impact  activity.  And  there  might  be  hundreds  of  binding  places.” He  compares  the  “language”  used  in  these  regulatory  sites  to  poetry. “It  may  be  Emily  Dickinson,  or  Shakespeare  or  Allen  Ginsberg;  but  all  are  using  ‘words’  to  evoke  thoughts  and  emotions,  to  control  the  message” >>

Val  Osowski, Layne  Cameron. DO GENES EXPRESS THEMSELVES THROUGH POETRY? A  new study  from  Michigan  State  University  makes  inroads  in  learning  to  “read”  the  genome,  a  key  goal  of  modern  biology. Published:  May  9,  2016

http://msutoday.msu.edu/news/2016/do-genes-express-themselves-through-poetry/

To  understand  transcription  factor  interactions  on  enhancers  << (..) an  extensive,  quantitative  perturbation  analysis targeting  the  dorsal-ventral  patterning  gene  regulatory  network  (GRN)  controlled  by  Drosophila NF-κB  homolog  Dorsal [was used to test] the effects  of  cooperativity,  repression,  and factor  potency >>

Rupinder  Sayal,  Jacqueline  M  Dresch, et al. Quantitative  perturbation-based  analysis  of  gene expression  predicts  enhancer  activity  in  early Drosophila  embryo. eLife  2016;5:e08445. Published  May  6,  2016

http://dx.doi.org/10.7554/eLife.08445